Электронная плотность

• Белок - сапосин А человека, PDB ID - 2dop
• Разрешение 2Å

1. Изображение электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи

Рис.1. Уровень подрезки 1

Рис.2. Уровень подрезки 1.5

Рис.3. Уровень подрезки 2

2. Изображение ЭП вокруг различных аминокислотных остатков

Для выполнения задания были выбраны тирозин 30, валин 10 и триптофан 37

Рис.4. Тирозин 30 при уровне подрезки 0.5

Рис.5. Тирозин 30 при уровне подрезки 1

Рис.6. Тирозин 30 при уровне подрезки 1.5

Начиная с уровня подрезки 1, электронная плотнасть покрывает не все атомы тирозина. Электронная плотность с уровнем подрезки 0.5 лучше всего описывает структуру остатка.

Рис.7. Валин 10 при уровне подрезки 1

Рис.8. Валин 10 при уровне подрезки 2

Рис.9. Валин 10 при уровне подрезки 2.5

При выбранных уровнях подрезки электронная плотность полностью покрывает атомы остатка.

Рис.10. Триптофан 37 при уровне подрезки 1

Рис.11. Триптофан 37 при уровне подрезки 1.5

Рис.12. Триптофан 37 при уровне подрезки 2.5

При уровне подрезки 2.5 электронная плотнасть покрывает не все атомы триптофана. Электронная плотность с уровнями подрезки 1 и 1.5 лучше всего описывает структуру остатка.